W dniu 11 stycznia 1861 roku Alabama ogłosiła secesję i dołączyła do Konfederacji. Choć na terytorium stanu stoczono niewiele bitew dostarczył on 120 tys. żołnierzy podczas wojny secesyjnej. Niewolnicy Alabamy uzyskali wolność na mocy 13. poprawki w 1865 roku„13th Amendment to the U.S. Constitution: Abolition of Slavery (1865)”. Historical Documents. HistoricalDocuments.com. 2005.. W czasie powojennej odbudowy władze utworzyły system szkół publicznych oraz pewne instytucje pomocy społecznej. Alabama oficjalnie powróciła do Unii w roku 1868.
Po wojnie domowej stan nadal miał charakter rolniczy, oparty głównie na uprawie bawełny. Plantatorzy opierali się zniesieniu niewolnictwa i starali się odzyskać kontrolę nad pracownikami. Ku Klux Klan posiadał w stanie liczne niezależne oddziały atakujące wyzwolonych. Po jego zlikwidowaniu organizowano paramilitarne grupy takiej jak Czerwone Koszule i Biała Liga, które w sposób bardziej otwarty walczyły z prawami wolności. Wprowadzono Prawa Jima Crowa mające na celu zwiększenie przewagi białych w społeczeństwie. W 1875 roku zakazano publicznego finansowania katolickich szkół„A Blaine Amendment Update (July 00)”. Schoolreport.com..
mały|Montgomery, stolica stanu, ok. roku 1894