W maju 1961 został sekretarzem generalnym Partii Chrześcijańsko-Demokratycznej, jednak wybór ten doprowadził do rozłamu partii, z której powstała nowa partia – Narodowa Partia Koncyliacji (PCN). Jej członkami byli chadecy, którym rządząca junta wojskowa zaoferowała współpracę. Duarte pełnił urząd burmistrza San Salvador w latach 1964–1970 – było to możliwe dzięki zwycięstwom w wyborach w marcu 1964, 1966 i 1968. W 1972 zwyciężył w wyborach prezydenckich, zdobywając ponad 45% głosów (324 000)Stanisław Markiewicz, Ruch chrześcijańsko-demokratyczny w świecie współczesnym: zarys monograficzny, Instytut Wydawniczy Związków Zawodowych, 1988, s. 222., jednak gdy zostały one unieważnione po przewrocie wojskowym, wyemigrował w tym samym roku. Był do tego zmuszony z powodu przewrotu w dniu 25 marca 1972 roku. Znalazł azyl polityczny w Wenezueli. Do ojczyzny powrócił w 1980, by stanąć na czele państwa jako szef junty cywilno-wojskowej (1980–1982), a później jako prezydent (1984–1989). Na tym stanowisku podejmował działania w celu zakończenia wojny domowej,