27 marca 1990 roku powstała Partia Akcji Demokratycznej (SDA), której liderem został Alija Izetbegović. SDA zrzeszała głównie Bośniackich Muzułmanów; inne grupy etniczne w Bośni (Serbowie i Chorwaci) również stworzyły partie o charakterze nacjonalistycznym. W 1990 roku SDA wygrała pierwsze wielopartyjne wybory w Bośni i Hercegowinie. 20 grudnia 1990 roku Alija Izetbegović został prezydentem Socjalistycznej Republiki Bośni i Hercegowiny.
Latem 1991 pomiędzy Serbami i Chorwatami wybuchła wojna. W dniach 29 lutego i 1 marca 1992 roku w Bośni i Hercegowinie odbyło się referendum niepodległościowe, zbojkotowane przez Serbów bośniackich. Po ogłoszeniu niepodległości, Izetbegović został pierwszym prezydentem Bośni i Hercegowiny. Wojna w Bośni i Hercegowinie wybuchła 3 marca. W październiku 1992 roku wybuchła wojna chorwacko-bośniacka. Jako prezydent Bośni i Hercegowiny Izetbegović opowiadał się za utrzymaniem niepodległości państwa, nawet kosztem wojny. 14 grudnia 1995 roku Alija Izetbegović podpisał ze Slobodanem Miloševićem i Franjo Tuđmanem porozumienie w Dayton, kończące wojnę. W latach 1996–2000 był członkiem trzyosobowego Prezydium Bośni i Hercegowiny i jej przewodniczącym w latach 1996–1998 i 2000.
W związku ze złym stanem zdrowia ustąpił w październiku 2000. Zmarł 19 października 2003 roku.