Historia Instagram został uruchomiony pod nazwą Burbn w 2009 roku przez Kevina Systroma, do którego w 2010 roku dołączył Mark Krieger. Kevin Systrom na kilka miesięcy przed rebrandingiem przyjął inwestycję w wysokości 500 000 dolarów od Baseline Ventures oraz Andreessena Horowitza. Obecną nazwę portal przyjął 6 października 2010 roku.
W kwietniu 2012 roku serwis został kupiony przez Facebooka za około 1 mld USD. W momencie wykupienia, nad serwisem pracowało ówcześnie 13 pracowników. Po pewnym czasie zmieniono regulamin – nowe przepisy wskazują na możliwość sprzedaży zdjęć użytkowników przedsiębiorstwom zewnętrznym. Ocenia się, że było to jedną z głównych przyczyn spadku liczby aktywnych użytkowników – o ile we wrześniu 2012 roku z aplikacji i strony internetowej korzystało około 100 mln użytkowników, to w styczniu 2013 roku było ich około 90 mln. We wrześniu 2017 roku Instagram posiadał ok. 800 milionów aktywnych użytkowników miesięcznie, w tym ok.