W trakcie okupacji Japończycy ograniczyli eksport produktów malajskich do nieznacznej ilości wymaganej do poprawnego działania gospodarki Japonii co niekorzystnie odbiło się na mieszkańcach Malajów utrzymujących się z eksportu oraz doprowadziło do likwidacji wielu kopalni i plantacji kauczuku. W rezultacie w 1942 roku w pogrążonym kryzysem kraju doszło do poważnej klęski głodu na który odpowiedzią było powstanie partyzantki antyjapońskiej na czele z Antyjapońską Armią Narodów Malajów która w późniejszych etapach okupacji japońskiej była potajemnie szkolona i zbrojona przez BrytyjczykówJackson, Robert (2008). The Malayan emergency. London: Pen & Sword Aviation. s. 10..
W 1945 Brytyjczycy ustanowili w Brytyjskich Malajach administrację wojskową, a cztery stany północne zostały zwrócone przez Tajlandię. 1 kwietnia 1946 utworzono Związek Malajski. Malajowie protestowali, ponieważ nie podobało im się ograniczenie władzy sułtanów oraz przyznanie obywatelstwa imigrantom, głównie Chińczykom. 31 stycznia 1948 utworzono Federację Malajską, składającą się ze wszystkich stanów malajskich, lecz bez Singapuru.