Malezyjskie tendencje ekspansjonistyczne zostały zatrzymane przez rebelię w Brunei, w wyniku której rząd brunejski wycofał się z pomysłów włączenia kraju do Malezji, oraz antymalezyjskie powstanie w Sarawaku – obydwa powstania zostały poparte przez Indonezję co rozpoczęło konfrontację indonezyjsko-malezyjskąCheah Boon Kheng (2009). „The Communist Insurgency in Malaysia, 1948–90: Contesting the Nation-State and Social Change” (PDF). New Zealand Journal of Asian Studies (University of Auckland) 11 (1): 132–52.. Do zakończenia konfrontacji doszło po 1965 roku gdy władzę w Indonezji objął Suharto, który wsparł Malezję w walce z partyzantami w Sarawaku.
W latach 60. Armia Wyzwolenia Narodowego Malajów przeszła reorganizację i zyskała wsparcie ze strony Chin co w 1968 roku spowodowało wybuch drugiego powstania malajskiego, którego celem było tym razem utworzenie w Malezji państwa socjalistycznego. Rząd Malezji w walce z partyzantami wsparła Wielka Brytania, Nowa Zelandia i Tajlandia. W 1974 roku Chiny wstrzymały swoją pomoc dla powstańców którzy pozbawieni źródła wsparcia zaczęli ponosić pierwsze poważne porażkiNational Intelligence Estimate 54–1–76: The Outlook for Malaysia (Report). Central Intelligence Agency. 1 kwietnia 1976..