Nie afiszował się ze swoimi proheglowskimi poglądami, wiedząc, że jego poprzednik – również zakonnik – został zwolniony właśnie z tego powodu, a także ze względu na sympatyzowanie ze Słowianami.

W 1851 został zatrudniony na Uniwersytecie Jagiellońskim na stanowisku profesora i od lipca zaczął rozwijać Katedrę Germanistyki. W 1853 mianowano go profesorem zwyczajnym, w 1865 dziekanem Wydziału Filozoficznego, a w 1866/1867 został rektorem UJ. W Krakowie borykał się z trudnościami, wynikającymi z ówczesnej próby germanizacji Uniwersytetu, która pociągała za sobą opór Polaków. Był zdania, że lepsza znajomość niemieckiego będzie przydatna dla studentów w dalszym życiu zawodowym, jednak rozumiał też postawę Polaków, broniących się przed germanizacją. Uważał siebie za Niemca i Słowianina, ale przede wszystkim za kosmopolitę i obywatela świata. Gdyby musiał wybierać, czy jest Niemcem czy Słowianinem, wybrałby – jak stwierdził w swoich wspomnieniach – śmierć. W 1867 książę sasko-weimarski przyznał mu złoty Medal Zasługi. W 1876 władze austriackie nadały mu tytuł cesarko-królewskiego radcy rządowego (Regierungsrat). W Krakowie przyjęto go m.in. do Towarzystwa Naukowego Krakowskiego i Societas Litteraria Cracoviensis.