Główna część ołtarza zawiera trzy epizody, gdzie misja i nauka Chrystusa napotyka opór opozycji - mądrość Chrystusa versus utrwalone błędne przekonania Żydów (których tu reprezentują faryzeusze), nieufność Samarytanki oraz fałsz i przebiegłość szatana. Pomimo średniowiecznej architektury, świat zobrazowany na Ołtarzu wydaje się być rzeczywistością Chrystusa, której kulminacją jest rozległy widok Jerozolimy, miejsca styku dwóch kultur - rzymskiej i żydowskiej. W detalach otwartego tryptyku dostrzec można symbole zła i pogaństwa (kolumna z figurą bestii) oraz judaizmu (figurka z ukoronowanym Mojżeszem) i Cesarstwa Rzymskiego (dwugłowy, czarny orzeł cesarski na złotym tle). Naprzeciw tego świata oraz ich przedstawicieli wychodzi Jezus, który przekonuje faryzeuszy, naucza Samarytankę, stanowczo odmawiaja szatanowi. Pośrodku, między Chrystusem i Samarytanką, znajduje się studnia, która stanowi punkt wyjścia dla istoty koncepcji ołtarza, stąd też zaniechano chronologicznego przebiegu wydarzeń (w Biblii, spotkanie Jezusa z Samarytanką następuje po kuszeniu). Podstawę stanowi tu wykładnia Chrystusa, nauczającego Samarytankę nowej wiary, o znaczeniu wiecznej wody i wiecznego pokarmu.