Jedynym dokumentem źródłowym, mającym posłużyć za dowód rzekomej współpracy Bergoglia z juntą, w którym kardynał jest wymieniony z nazwiska, wykorzystanym w książce Verbitsky'ego jest wzmianka urzędnika MSZ o tym, że kardynał sugerował, aby nie dawać Jalicsowi zgody na przedłużenie ważności paszportu podczas pobytu zagranicznego.
Kilka dni po wyborze papieża, 15 marca 2013 roku, rzecznik Watykanu Federico Lombardi ustosunkował się do stawianych Bergogliowi zarzutów o związki z juntą i przedstawił oficjalne stanowisko Watykanu. Lombardi oświadczył, że wszelkie zarzuty są bezpodstawne, a kampania przeciwko Bergogliowi jest znana i była prowadzona od wielu lat. Dodał, że istnieją „liczne relacje, które ukazują, ile Bergoglio uczynił, by ochronić wiele osób w czasach dyktatury wojskowej”, oraz doprowadził do przeproszenia przez argentyński Kościół za to, że ten nie poczynił wystarczających kroków w czasach tak zwanej brudnej wojny.