W 1915 roku w czasie I wojny światowej kościół został ostrzelany i częściowo spalony, w wyniku czego utracił dach. W 1919 roku bolszewicy zamordowali proboszcza Słonimskiego ks. Jana Webera. W 1921 roku rozpoczęto remont kościoła ze środków Państwowego Biura Odbudowy, który przerwano z braku środków w 1923 roku. W 1927 i 1932 odpadł częściowo tynk ze sklepienia. W 1934 roku konserwator wojewódzki Stanisław Lorentz uznał urzędowo kościół za zabytek. W 1936 roku kościół pokryto dachówką, a wieże blachą.
W marcu 1942 roku Niemcy rozstrzelali proboszcza Kazimierza Grochowskiego, po którym funkcję proboszcza pełnił czasowo kapelan niepokalanek jezuita Adam Stark, rozstrzelany przez Niemców w grudniu 1942 za pomaganie ludności żydowskiej podczas Holocaustu. Jego następcą został ks. Henryk Drahel, w roku 1949 aresztowany przez władze radzieckie i zesłany do łagru.
Kościół zamknięty został przez Rosjan w styczniu 1946 roku i przeznaczono go na skład zboża, a następnie soli.