Po niemieckiej agresji na Polskę we wrześniu 1939 Andrzej Rieger starał się dotrzeć do punktu zapasowego swojego pułku na Wołyniu (z obaw o represjonowanie przez Niemców rodzin oficerów podróżował wraz z żoną i synami). 14 września 1939 w Turzysku pod Kowlem Antonina rozłączyła się z mężem i przeniosła wraz z synami do Krakowa, do mieszkania swoich rodziców. Andrzej Rieger zameldował się w komendzie garnizonu w Łucku, potem w komendzie w Równem, dostał skierowanie do Ostroga. 17 września 1939 zgłosił się do koszar Korpusu Ochrony Pogranicza i został aresztowany przez SowietówZapiski z Kozielska..., ibid., s. 31.. Padł ofiarą zbrodni katyńskiej, został zamordowany w Katyniu 23 lub 24 kwietnia 1940.
Podczas okupacji niemieckiej, od kwietnia 1940 do kwietnia 1944, Antonina Latinik pracowała w Instytucie Rozrachunkowym (Verechnungsinstitut) w Krakowie jako stenotypistka. Współpracowała z Armią Krajową przepisując na maszynie tajne instrukcje. Instrukcje przechowywała niekiedy w piecu kaflowym w swoim mieszkaniu. Ze strukturami podziemnymi utrzymywała kontakt przez dowódcę podchorążówki AK, którego jej synowie zapamiętali jako „pana Iga”.