W okresie panowania cesarza Zhu Di (朱棣; pan. 1403–1423) z dynastii Ming klasztor został odnowiony.
W roku 1628 w czasie walk spowodowanych osłabieniem Mingów i które ostatecznie zakończyły panowanie tej dynastii, klasztor został ponownie poważnie zniszczony.
W 23 roku panowania cesarza Xuanye (玄燁; pan. 1661–1722) z dynastii Qing (1644–1912), generał Shi Lang (施浪; 1621–1696)W innym tekście dotyczącym tej historii jest informacja, że generał Shi Lang odbudował klasztor i zmienił jego nazwę na Nanputuo ale w roku 1622, co jest niemożliwe, bowiem urodził się w roku 1621 wycofał swoją armię z Tajwanu do Xiamen. Miał sen, w którym zobaczył cztery znaki bui ri pu zhao znaczące "Jaśniejące słońce oświeca świat". Następnego dnia zaskoczony dowiedział się, że w Xiamen jest klasztor Puzhao, w którym przebywa stary mnich Huiri. Generał spędzał czas dyskutując o buddyzmie z mnichem i był tak z tych rozmów zadowolony, że postanowił odnowić zniszczony klasztor. Wtedy zmieniono także nazwę klasztoru na Nanputuo. Nazwa ta ma związek z Sutrą Awatamsaki według której bodhisattwa Guanyin mieszka na górze Potala. Odpowiednikiem góry Potala jest Putuo w prowincji Zhejiang. Ponieważ klasztor związany był także z kultem Guanyin, więc zmieniono nazwę na Nanputuo.