Lacedemończycy odmówili, Ateńczycy zaś udzielili powstaniu pomocy, przez co ściągnęli na siebie gniew Dariusza.
Powstanie jońskie miało ważny wymiar polityczny dla imperium Perskiego, utrwaliły bowiem jego związki z lokalnymi tyranami przeciw zwolennikom demokracji. Aristagoras jako przywódca powstania przekonywał do siebie mieszkańców różnych poleis obiecując im obalenie tyranów. W ten sposób wygnany został między innymi Ajakes syn Sylosonta tyran Samos.
Choć początkowo Grekom wiodło się dobrze i w pierwszym roku powstania zdobyli nawet Sardes, to losy walki szybko się odwróciły. Po klęsce Jończyków w bitwie morskiej pod Lade Powstanie zostało stłumione i Hellenowie ostatecznie zostali pokonani. Najsurowszą karę poniósł Milet, który został całkowicie zrównany z ziemią.
Powstanie trwało łącznie sześć lat.
Wyprawa na Helladę Po klęsce powstania jońskiego Dariusz zrozumiał, że dalsze utrzymanie hegemonii nad miastami jońskimi jest niemożliwe bez odcięcia ich od pomocy ze strony reszty Hellenów, zwłaszcza zaś Ateńczyków.