z WZZ „Sierpień 80.” i środowiskiem Piotra Ikonowicza.

W lutym 2001 w związku doszło do rozłamu. Część działaczy na czele z Leszkiem Zwierzem i Januszem Malewiczem oskarżyła przewodniczącego o nieprawidłowości finansowe, po czym współtworzyła Związek Zawodowy Rolników „Ojczyzna”.

Działalność po 2001 r. Po 2001 r., ze względu na zajęcie się przez większość liderów związku bieżącą polityką, działalność ZZR „Samoobrona” osłabła, ale nie ustała. W 2002 doszło do protestu przeciwko rządowi Leszka Millera oraz władzom PSL. W czerwcu 2002 działacze związku wysypali na warszawskim Żeraniu z pociągu towarowego zboże należące do posła PSL Zbigniewa Komorowskiego, podejrzewając, że może ono być skażone rakotwórczym nitrofenem.

We wrześniu 2004 ZZR „Samoobrona” wszedł w skład europejskiej organizacji związkowej COPA COGECA samoobrona.org.pl, 17 września 2004.. W latach 2006–2007, gdy Andrzej Lepper pełnił funkcję wicepremiera, związkiem tymczasowo kierowała Bożena Garbacz samoobrona.org.pl, 22 listopada 2006.Kandydaci do Parlamentu Europejskiego – Okręg nr 5 samoobrona.org.pl..