Wymieniono też stany mogące istotnie zaburzać mikrobiotę dawcy („dawca nierekomendowany”). Zalicza się do nich przewlekłe choroby przewodu pokarmowego (w tym nowotwory i polipy), choroby autoimmunologiczne, neurodegeneracyjne i psychiczne oraz pierwszostopniowe pokrewieństwo z osobami z polipowatością lub rakiem jelita grubego. Wskazywano także na niedawną (w ostatnich 3 miesiącach) systemową antybiotykoterapię, chemioterapię lub leczenie immunosupresyjne oraz codzienne stosowanie inhibitorów pompy protonowej w ciągu ostatnich 3 miesięcy.
Wskazywano ponadto, że w części protokołów wyklucza się dawców po antybiotykoterapii w ostatnich 3 miesiącach. Kwalifikacja obejmuje również kryteria dotyczące zachowań i zdarzeń zwiększających ryzyko zakażeń przenoszonych przez krew (np. wykonanie tatuażu w ostatnich miesiącach).