Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę 10 kwietnia została aresztowana w domu przez funkcjonariuszy NKWD jako „członek Obozu Zjednoczenia Narodowego i agent polskiego wywiadu”. Była przetrzymywana w więzieniu w Równem, a 31 maja została przewieziona do więzienia przy ulicy Karolenkiwskiej 17 w Kijowie. Tam została zamordowana przez NKWD prawdopodobnie na wiosnę 1940. Jej nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (została wymieniona na liście wywózkowej 67/1-49 oznaczona numerem 2540). Ofiary tej części zbrodni katyńskiej zostały pochowane na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni.
Zofia i Stanisław Rudomina-Dusiatscy nie mieli własnych dzieci. Wychowywali Leszka i Alicję (Marię) Majerskich, dzieci zmarłej kuzynki Zofii – Janiny. Po wojnie, w 1946, Stanisław Rudomina-Dusiatski ożenił się z Zofią Okęcką, która przed wojną pracowała w koreckiej szkole.
Ordery i odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (27 listopada 1929)M.P. z 1929 r. nr 278, poz.