Nie jest to jednak pogląd niekwestionowany. Największą wątpliwość budzi wiek mumii z KV55 określany na podstawie badań szkieletu na zaledwie ok. 25-35 lat, podczas gdy Echnaton zmarł w wieku ok. 45-55 lat. Ponadto badania genetyczne wykazały, że mężczyzna z KV55 nie był ojcem kobiety, której mumię znaleziono w grobowcu KV21, a która była matką dwóch płodów (martwo urodzonych) znalezionych w grobowcu Tutanchamona i potwierdzonych jako jego córki. Albo więc matką tych płodów nie była, jak się najczęściej uważa, Anchesenamon, albo też mężczyzna z KV55 nie był ojcem Anchesenamon, a zatem nie był to Echnaton.
Nie można zatem z całą pewnością wykluczyć, że ojcem Tutanchamona był nie Echnaton, tylko jego młodszy rodzony brat, najczęściej identyfikowany z tajemniczym faraonem Smenchkare, panującym w okresie pomiędzy rządami Echnatona a Tutanchamona.
Matka Badania genetyczne z 2010 roku wykazały, że matką Tutanchamona była kobieta, której mumię znaleziono w grobowcu KV35, określana jako Młodsza Dama. Była ona córką Amenhotepa III i królowej Teje, a więc była rodzoną siostrą ojca Tutanchamona. Oznaczałoby to, że matką Tutanchamona nie mogła być Nefertiti, ponieważ nie była ona rodzeństwem Echnatona.