16 kwietnia 2014 został przed swoim domem brutalnie pobity pałką teleskopową. Zleceniodawcą pobicia według ustaleń śledztwa był były członek rady nadzorczej SKOK Wołomin. Powodem pobicia miała być chęć wyeliminowania Wojciecha Kwaśniaka z kontrolowania działalności spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych (SKOK). W lutym 2024 sąd I instancji skazał w tej sprawie Piotra Polaszczyka na karę 10 lat pozbawienia wolności, uznając że „nakłaniał Krzysztofa A. do dokonania czynnej napaści na funkcjonariusza publicznego”. W marcu 2025 w postępowaniu apelacyjnym orzeczoną karę złagodzono do 8 lat pozbawienia wolności.
6 grudnia 2018 został zatrzymany na polecenie prokuratora Prokuratury Regionalnej w Szczecinie pod zarzutem przestępstw urzędniczych mających polegać na niedopełnieniu obowiązków na szkodę m.in. Bankowego Funduszu Gwarancyjnego. W lutym 2019 sąd uznał jego zatrzymanie za niezasadne, na rzecz Wojciecha Kwaśniaka w związku z tym zostało prawomocnie zasądzone zadośćuczynienie.
Odznaczenia i wyróżnienia W 2004 otrzymał odznakę honorową „Za zasługi dla bankowości Rzeczypospolitej Polskiej”.