Od 1978 w strukturze Centrum Młodzieży działa Krakowskie Młodzieżowe Towarzystwo Przyjaciół Nauk i Sztuk pod patronatem Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.
Dyrektorem Centrum Młodzieży im. dr. Henryka Jordana w latach 1982–2010 był Antoni Weyssenhoff.
Kierownictwo Dyrektor Centrum Młodzieży: Bartłomiej Kocurek Zastępca Dyrektora: Alicja Nowak- Müller Zastępca Dyrektora: Monika Godek
Obecnie działające sekcje Zajęcia popularnonaukowe Kultura ludowa Archeologia Astronomia Biologia Chemia Edukacja Regionalna Filozofia Fizyka Geografia Historia Historia i sztuka Krakowa Historia sztuki (w ramach Krakowskiego Młodzieżowego Towarzystwa Przyjaciół Nauk i Sztuk) Historia sztuki Kalejdoskop kultur Matematyka dla gimnazjalistów Matematyka dla licealistów Politologia i stosunki międzynarodowe Prawo Psychologia Warsztaty z wiedzy o społeczeństwie Zajęcia filmowe Historia kina powszechnego Kino i DKF "Paradox" Edukacja filmowa najmłodszych Zajęcia sportowe Fitness Brydż sportowy Gry zespołowe Judo Judo i rekreacja Klub narciarski "Slalom" Pływanie Fotografia Fotografia cyfrowa i tradycyjna Klub fotograficzny "Foto-Pasja" Plastyka, rękodzieło Ceramika Film animowany Malarstwo, rzeźba i grafika Rękodzieło Studio "Igiełka" Studio "Mama i ja" Studio sztuk plastycznych Muzyka, śpiew,