Jagiellońskiej 13-15 mieści się Archiwum UMK – Oddział Zamiejscowy w Bydgoszczy, który przechowuje dokumenty Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Archiwum Emigracji – archiwum wchodzące w skład Biblioteki Uniwersyteckiej, gromadzące spuściznę po pisarzach, wydawcach, wojskowych, artystach i duchownych, związanych z instytucjami polskimi na emigracji, a także archiwa redakcji czasopism, oficyn wydawniczych i księgarskich, galerii sztuki oraz instytucji politycznych, kombatanckich i kulturalno-społecznych. Zostało powołane w styczniu 1995. Archiwum Akt Dawnych Diecezji Toruńskiej – archiwum powołane na mocy dekretu biskupa toruńskiego Andrzeja Suskiego dnia 24 czerwca 2001 roku. Zadaniem Archiwum jest gromadzenie, przechowywanie i udostępnianie archiwaliów parafii diecezji toruńskiej. Mieści się na parterze prawego skrzydła Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Toruńskiej.