Historia nabożeństwa thumb|Dawny kościół Matki Bożej Bezdomnych w Limie. Zdjęcie z roku 1875. Dziś na jego miejscu stoi nowoczesna świątynia. Nabożeństwo Trzech godzin Agonii wywodzi się z Peru, gdzie zainicjowali je jezuici.
W Wielkim Tygodniu roku 1660 peruwiański jezuita, o. Francisco del Castillo, zapoczątkował nabożeństwa do Jezusa w agonii z modlitwami i kazaniami, trwające przez 3 godziny. Odbyło się w kościele pod wezwaniem Matki Bożej Bezdomnych (Nuestra Senora de los Desamparados), leżącym na lewym brzegu rzeki Rímac w Brena, dzielnicy miasta LimaThe District Brena. (dziś Brena ma rangę dystryktu w prowincji Lima), w którym znajdował się krucyfiks z figurą konającego Jezusa (Crucifijo de la Agonía). O. Francisco del Castillo uważany jest za prekursora Kazań o Siedmiu słowach Jezusa na krzyżu, które później jezuici przenieśli też do Europy (ich tradycja jest do dziś szczególnie żywa w Valladolid, gdzie stały się częścią tamtejszych niezwykle uroczystych obchodów Wielkiego Tygodnia).