Katakumby, nazywane Katakumbami świętego Sebastiana dopiero od okresu późnego średniowiecza, określano już w III wieku mianem in memoria apostolorum. Toponim związany z tradycją, według której znajdowały się w nich relikwie świętych Apostołów Piotra i Pawła. Dokument Depositio martyrum z połowy III wieku, pod datą 29 czerwca wymienia obchód wspomnienia męczeństwa Piotra in catacumbas, zaś Pawła przy Via Ostiense (Opactwo Tre Fontane). Martyrologium Hieronymianum z V wieku pod tą samą datą wymienia wspomnienie Piotra na Watykanie, Pawła na Via Ostiense oraz wspólne w katakumbach – utrumque in catacumbas Tusco et Basso consulibus (za czasów konsulów Tusco i Basso, tzn. w 258 roku).
Męczennicy Najwcześniejsze źródła wiążą z katakumbami przy Via Appia postacie trzech męczenników: Sebastiana, Kwiryna i Eutychiusza. Tych świętych wymienia katalog Notula oleorum z VII wieku. Opisy pątników z późnego średniowiecza nie wymieniają Eutychiusza, ponieważ do jego katakumby nie można już było dotrzeć.