Ederson po raz pierwszy zagrał kilka spotkań w Segunda Liga z zespołem rezerwowym oraz dostał szansę gry w Taça da Liga z drużyną główną, zanim zadebiutował w Primeira Liga 5 marca 2016 roku przeciwko rywalom Sporting CP, zastępując kontuzjowanego Júlio Césara. Benfica wygrał derby ligi 0-1 i zajęła pierwsze miejsce w Primeira Liga. Pięć dni później zagrał finale Taça da Liga przeciwko Marítimo, który Benfica wygrała 6-2. Poza tym zagrał trzy mecze w ramach Ligi Mistrzów UEFA, gdzie Benfica dotarła do ćwierćfinału. W następnym sezonie wygrał rozgrywki Primeira Liga, Taça de Portugal i Supertaça Cândido de Oliveira.
Manchester City thumb|Ederson jako zawodnik Manchesteru City 1 czerwca 2017 Benfica ogłosiła, że Ederson dołączył do Manchesteru City za 35 milionów funtów (40 milionów euro), co czyniło go wówczas drugim najdroższym bramkarzem wszech czasów, przed Gianluigim Buffonem (32,6 miliona funtów). W rozgrywkach Premier League zadebiutował 12 sierpnia 2017 przeciwko Brighton & Hove Albion i zachował czyste konto. Ederson zdobył Złotą Rękawicę za zachowanie największej liczby czystych kont (16) w sezonie 2019/20. Rok później obronił to wyróżnienie. 1 września 2021 roku podpisał nowy kontrakt obowiązujący do 2026 roku.