Ranny, przebywał w szpitalu w Modlinie. Po leczeniu, w październiku 1831, w stopniu porucznika, został zwolniony z wojska i powrócił w rodzinne strony. Po utracie zrujnowanego majątku rodzinnego w Wilkowie był dzierżawcą różnych majątków w dawnym województwie krakowskim. W 1856 został dzierżawcą majątku Glanów, należącego w tym czasie do rosyjskiego generała Mikołaja barona Korffa.
Ze związku małżeńskiego z Józefą z Filipowskich miał dwoje dzieci: syna Teofila i córkę Mariannę. Teofil Rutkowski walczył w powstaniu styczniowym w oddziale Langiewicza. Zięć Rutkowskiego, Konstanty Novák, usynowiony bratanek przyjaciela, również aktywnie uczestniczył w powstaniu.
Obrona dworu w Glanowie 15 sierpnia 1863 w Glanowie, w czasie powstania styczniowego, oddział 20 powstańców pod dowództwem Aleksandra Krukowieckiego, został odcięty przez kolumnę wojsk rosyjskich od głównego oddziału braci Edwarda i Gustawa Habichów i atakowany, schronił się w dworze w Glanowie. Wkrótce rozpoczęła się zacięta walka z otaczającym dwór wojskiem carskim. Leon Bończa-Rutkowski wziął w niej czynny udział. Jako weteran wojenny z doświadczeniem dowódczym, praktycznie przejął dowództwo nad powstańcami. Po czterogodzinnej walce, w której wojsko spaliło zabudowania gospodarcze oraz dach dworu, Rosjanie odstąpili od oblężenia, tracąc około 60 zabitych.