Wiele zaliczanych do niej rodzajów zostało przeniesione do innych rodzin, prawdopodobnie nadal jednak nie jest monofiletyczna i dokładne ustalenie filogenezy zaliczanych do niej rodzajów wymaga dalszych badań.
Systematyka Pozycja w klasyfikacji według Index Fungorum: Helotiaceae, Helotiales, Leotiomycetidae, Leotiomycetes, Pezizomycotina, Ascomycota, Fungi.
Rodzinę Helotiaceae utworzył Heinrich Rehm w 1892 r. Typem nomenklatorycznym jest rodzaj Helotium Pers. 1801. Według aktualizowanej klasyfikacji Index Fungorum bazującej na Dictionary of the Fungi do rodziny tej należą rodzaje: Ascoconidium Seaver 1942 Bisporella Sacc. 1884 – dwuzarodniczka Brackelia Zhurb. 2017 Bryoscyphus Spooner 1984 Calycella (Sacc.) Sacc. 1889 Calyptellopsis Svrcek 1986 Cyathicula De Not. 1863 Dicephalospora Spooner 1987 Dimorphospora Tubaki 1958 Endoscypha Syd. 1924 Eubelonis Höhn. 1926 Glarea Bills & Paláez 1999 Gloeotinia M. Wilson, Noble & E.G. Gray 1954 Helicodendron Peyronel 1918 Hispidula P.R. Johnst. 2003 Hymenoscyphus Gray 1821 – pucharek Hymenotorrendiella P.R. Johnst., Baral & R. Galán 2014 Kukwaea Suija, Motiej. & Zhurb. 2020 Lambertellinia Korf & Lizon 1994 Mytilodiscus Kropp & S.E. Carp.