Lata II wojny światowej. Podczas wojny zdecydował się na wzięcie udziału w obronie Warszawy. Do wybranej jednostki w Pińsku nie został jednak przyjęty, ponieważ nie było już tam samolotów. Niedługo potem Naleszkiewicz zachorował na zapalenie płuc. Po wyzdrowieniu wrócił do Warszawy.
Nie chcąc pracować w niemieckim przemyśle wojennym, zataił swoje umiejętności naukowe i zawodowe. Od 1940 roku należał do batalionu ZWZ Dominik w Zgrupowaniu Stolica. Następnie został przeniesiony do komendy zgrupowania. Pełnił tam obowiązki szefa Działu Uzbrojenia. Organizował gromadzenie broni przechowywanej po Wojnie Obronnej Polski 1939, skup broni od niemieckich żołnierzy i akcje zdobywania broni. Podlegała mu też jednostka instruktorów nauki o broni. W roku 1941 został jednym z oficerów Armii Krajowej współpracujących razem z kpt. Arciszewskim. Uczestniczył wtedy w rozpracowaniu lotniska Okęcie i podziemnych magazynów paliwa należących do Luftwaffe, które zniszczyło lotnictwo radzieckie. Podczas okupacji hitlerowskiej pracował w wywiadzie lotniczym Komendy Głównej Armii Krajowej. Do końca wojny wygłaszał wykłady dla studentów tajnego Uniwersytetu i Politechniki Warszawskiej. Pracował także jako producent uzbrojenia.