Po rozpoczęciu się osadnictwa holenderskiego w dzisiejszej Południowej Afryce zebra kwagga stała się obiektem polowań na dużą skalę, gdyż konkurowała o pożywienie z trzodą gospodarską. Dodatkowo, z jej skóry wykonywano powszechnie worki do przechowywania pszenicy(e): Kwagga – ponura rocznica, w: „Poznaj Świat” R. XIX, nr 9 (226), wrzesień 1971, s. 40.. Nielicze osobniki trafiły do ogrodów zoologicznych w Europie, jednak programy rozrodcze nie przyniosły sukcesów. Ostatnia dzika populacja żyła w Wolnym Państwie Oranii. Na wolności zebra kwagga wyginęła w 1878. Ostatni osobnik żyjący w niewoli padł w Amsterdamie 12 sierpnia 1883. Tylko jeden osobnik został sfotografowany za życia. Do dziś zachowały się 23 skóry. W 1984 zebra kwagga została pierwszym wymarłym zwierzęciem, którego DNA poddano analizie. Quagga Project stara się odtworzyć fenotyp wzoru owłosienia i związanych cech poprzez dobór hodowlany zebry damarskiej.