Obszar jurysdykcji Trybunał w Murcji początkowo miał jurysdykcję jedynie nad kastylijską diecezją Cartageny (w tym nad należącym do aragońskiego królestwa Walencji okręgiem Orihuela). W latach 1506–1510 przejściowo podlegała mu diecezja Cuenci. W 1507, w związku z krótkotrwałym zniesieniem unii kastylijsko – aragońskiej, okręg Orihuela wyłączono spod jurysdykcji trybunału w Murcji i podporządkowano go inkwizytorom Walencji. Jednakże po przywróceniu unii w 1517 Orihuela powróciła pod władzę Murcji i pozostała w granicach jej okręgu już do samego końca. W 1565 utworzona została odrębna diecezja Orihueli. W 1533 inkwizytorom Murcji podporządkowano okręgi Alcaraz i Beas de Segura, dotąd podległe inkwizycji z Kordoby. Ponadto w 1525 po rozwiązaniu trybunału inkwizycyjnego w Oranie w Algierii, jego okręg w całości podporządkowano Murcji.
Finalnie inkwizytorom Murcji podlegały zatem diecezje Cartageny i Orihueli oraz okręgi Alcaraz, Beas de Segura i Oran (wszystkie położone w archidiecezji Toledo).