Shortland po opuszczeniu Przylądka Dobrej Nadziei z Phillipem na HMS „Supply” razem z trzema najszybszymi statkami „Alexander”, „Friendship” i „Scarborough” płynął w stronę reszty floty. 17 stycznia 1788 r. pierwsze okręty floty dotarły do Zatoki Botaniczej w Australii. Po zostaniu w Australii do 14 lipca popłynął do Anglii na pokładzie „Alexandra” z pierwszym meldunkiem gubernatora Phillipa dla Ministra Spraw Zagranicznych Francisa Osborne’a, w towarzystwie „Borrowdale”, „Prince of Wales” i „Friendship”.
Podczas podróży do Batavii Shortland odkrył wiele wysp i raf. Nadał nazwę wyspom Treasury, Cieśninie Shortlanda, wyspie Shortland i grupie wysp Shortland. Podczas rejsu do Batavii „Friendship” zatonął u wybrzeży Borneo. Shortland wrócił do Anglii w maju 1789 r. Naciskał na Admiralicję, aby dokładnie nanieść na mapy wschodnie wybrzeże Australii, co poskutkowało wysłaniem przez Ministra Spraw Zagranicznych podróżnika Matthew Flindersa na pokładzie HMS „Investigator”.