Z rozpoznania lotniczego wynikało, że między wrakami blokującymi tę cieśninę istnieje luka 17 metrów, ponadto jej brzegi były mało zaludnione. W ciągu czterech dni Prien pokonał Morze Północne i w piątek 13 października, o godzinie 19.15, po zachodzie słońca, wynurzył się na podejściu do Scapa Flow i dalszy marsz kontynuował na powierzchni. Prien początkowo wybrał omyłkowo znajdującą się bardziej na południe cieśninę Skerry Sound, ale później zdał sobie sprawę, że U-47 kieruje się na płytkie i zablokowane przejście, więc nakazał szybki zwrot na północny wschód. Korzystając z oświetlenia światłem zorzy polarnej, U-Boot prześlizgnął się pomiędzy dwoma zatopionymi statkami blokadowymi „Seriano” i „Numidian”, grzęznąc chwilowo na stalowej linie okrętu „Seriano”. Okręt niemiecki został na krótko oświetlony przez taksówkę z brzegu, ale jej kierowca nie podniósł alarmu. Po wejściu do zatoki Prien wpisał do dziennika pokładowego pod datą 14 października 1939, o godzinie 00.27 triumfalne Wir sind in Scapa Flow!!!„Jesteśmy w Scapa Flow!” . Następnie przez kilka kilometrów utrzymywał kurs na południowy zachód ku zachodowi (WSW).