W pierwszych wolnych wyborach zorganizowanych w Albanii w 1991 uzyskał mandat deputowanego do parlamentu. W parlamencie reprezentował DPA, w latach 1991–1992 był jej wiceprzewodniczącym. We wrześniu 1992 odszedł z partii nie zgadzając się z polityką Salego Berishy. Powodem konfliktu była niechęć Sali Berishy do przekazania kierownictwo partii po objęciu przez niego urzędu prezydenta. Ceka razem z Arbenem Imami i Gramozem Pashko należał do grona założycieli Partii Sojuszu Demokratycznego (Aleanca Demokratike), której był przez wiele lat przewodniczącym. W czasie albańskiej rewolucji piramidowej w 1997 Ceka wspólnie z Namikiem Dokle i Preçem Zogajem odegrali kluczową rolę w negocjacjach z Salim Berishą, które przekonały go do ustąpienia z urzędu prezydenta.

W okresie od 25 lipca 1997 do 18 kwietnia 1998 pełnił funkcję ministra spraw wewnętrznych w rządzie kierowanym przez Bashkima Fino. Był odpowiedzialny za przywrócenie porządku w południowej części kraju, nad którą wiosną 1997 przejęły kontrolę uzbrojone bandy. Skupił się na zabezpieczeniu szlaków komunikacyjnych, nie likwidując od razu utworzonych przez rebeliantów komitetów. W latach 1998–2005 stał na czele parlamentarnej komisji d.s. bezpieczeństwa narodowego.