thumb|left|Dawny budynek Muzeum Sztuki przy Augustusplatz (ok. 1890–1900) W 1937 roku naziści na fali propagandowej kampanii przeciw sztuce wynaturzonej, skonfiskowali 394 obrazy i druki, głównie ekspresjonistów. W nocy z dnia 4 grudnia 1943 roku, budynek został zniszczony podczas alianckiego bombardowania. Mimo to znaczna część zbiorów, która została wcześniej wyniesiona, ocalała. Po wojnie zbiory muzealne trafiały do różnych instytucji m.in. swoją wystawę miały w gmachu Federalnego Sądu Administracyjnego. W 2004 roku kolekcja powróciła na Sachsenplatz, do nowoczesnego budynku w kształcie sześcianu.
Kolekcja Obecna kolekcja Muzeum Sztuk Pięknych w Lipsku obejmuje około 3500 obrazów, tysiąc rzeźb i grafik z okresu od późnego średniowiecza do współczesności, skupiając się na niemieckiej i niderlandzkiej sztuce XV i XVI wieku, sztuce holenderskiej z XVII wieku, sztuce francuskiej z XIX wieku i sztuce niemieckiej obejmującej okres od XVIII do XX wieku.
Ważnymi elementami kolekcji są dzieła holenderskich i niemieckich starych mistrzów (Fransa Halsa i Lucasa Crancha, Rubensa, Tintoretta), romantyków (Caspara Davida Friedericha) i przedstawicieli szkoły malarskiej w Düsseldorfie (Achenbacha).