27 lipca 1927 r. zwolniony z zakazem przebywania w Moskwie oraz w guberniach: leningradzkiej, kijowskiej, charkowskiej, chersońskiej i północno-kaukaskim kraju. 3 stycznia 1928 r. – w ramach wymiany więźniów między Polską i ZSRR – razem z księżmi Zygmuntem Chmielnickim i Kazimierzem Sokołowskim wrócił do Polski.
Posługa kapłańska w II RP W latach 1929–1930 był wikariuszem w parafii Równem i Kowlu, jednocześnie administrował parafią Zasmyki. W latach 1931–1934 był proboszczem parafii Zofiówka (dek. łucki), od sierpnia 1934 r. – proboszczem parafii Białozórka (dek. Krzemieniec). W czerwcu 1935 r. został proboszczem parafii w Wyszogródku (dek. Krzemieniec). Na początku 1938 r. został przeniesiony na stanowisko proboszcza parafii Sokul (dek. Kołki). Od dnia 2 października 1941 r. mieszkał w Kowlu i obsługiwał parafie: Ratno, Buceń, Zabłocie i Niesuchojeże w dekanacie Kamień Koszyrski. 5 maja 1942 r. został proboszczem parafii Chrynów (dek. Włodzimierz Wołyński, diecezja łucka).
Okoliczności śmierci
Ks. Jan Kotwicki odprawiał mszę świętą w Chrynowie 11 lipca 1943 r. o godz. 11:00, gdy kościół został zaatakowany przez oddziały UPA.
O losach proboszcza z Chrynowa zachowały się relacje świadków. Relacja byłego ministranta Zygmunta Abramowskiego: