Wszyscy uciekli z pociągu, wyskakując na stacji Ursus. Mściwój Semerau-Siemianowski podjął pracę jako jedyny polski lekarz w obozie przejściowym „Ursus” – filii obozu Pruszkowskiego (córka pracowała jako pielęgniarka). W październiku 1944, na prośbę Rady Głównej Opiekuńczej, zajął stanowisko naczelnego lekarza obozu, a wkrótce potem wyjechał do Zakopanego. Od 10 września pracował w zakopiańskiej przychodni Polskiego Czerwonego Krzyża.
Po II wojnie światowej thumb|Grób Mściwoja Semerau-Siemianowskiego grób na cmentarzu Powązkowskim W roku 1945 został przewodniczącym Łódzkiego Naukowego Towarzystwa Lekarskiego. W kolejnych latach był, jako profesor zwyczajny, kierownikiem II Katedry i Kliniki Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Łódzkiego (1945–1946) i kierownikiem II Katedry i Kliniki Chorób Wewnętrznych Akademii Medycznej w Gdańsku (1946–1948).
Do Warszawy wrócił w roku 1948. Objął kierownictwo II Katedry i Kliniki Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Warszawskiego, które zajmował do roku 1953. Uruchomił pracownie naukowe, w których stosowano i rozwijano nowoczesne metody badawcze (np. flebografia, kapilaroskopia, sfigmografia, fonokardiografia;