Motocykl był napędzany chłodzonym cieczą, czterocylindrowym silnikiem rzędowym DOHC o pojemności 997 cm³, z czterema zaworami na cylinder. Średnica cylindra i skok tłoka wynosiły 74 × 58 mm, a stopień sprężania 10,2:1. Według danych technicznych jednostka osiągała około 125 KM przy 9500 obr./min oraz 99 Nm momentu obrotowego przy 8500 obr./min. Silnik zasilany był czterema gaźnikami Keihin CVK 36, a napęd na tylne koło przekazywała sześciobiegowa skrzynia biegów i łańcuch. GPZ1000RX wykorzystywał stalową ramę typu twin spar. Model łączył cechy motocykla sportowego i sportowo-turystycznego, oferując wysoką moc, pełną owiewkę oraz stabilność przy dużych prędkościach.
Ciekawostki W chwili debiutu GPZ1000RX / Ninja 1000R był opisywany w prasie motocyklowej jako jeden z najszybszych motocykli produkowanych seryjnie. W teście „Cycle World” z 1986 roku podano prędkość maksymalną 159 mph, czyli około 256 km/h. Choć GPZ1000RX był projektowany jako szybki motocykl sportowy, współczesne opisy klasyfikują go również jako maszynę sportowo-turystyczną.