ministerstwu Edukacji.
W latach 1964–1966, przy wsparciu rządu Niemiec, wzniesiono kompleks muzealny na wschodnim brzegu Tygrysu obejmujący gmach Starego Muzeum, gmach administracji, bibliotekę i magazyn, a kolekcje zostały przeniesione do nowego budynku. Zmieniono wówczas nazwę placówki na Narodowe Muzeum Iraku. W 1983 roku przy wsparciu rządu Włoch wzniesiono gmach Nowego Muzeum.
W okresie I wojny w Zatoce Perskiej muzeum pozostawało zamknięte – zostało otwarte 28 kwietnia 2000 roku na urodziny prezydenta Iraku Saddama Husajna.
Podczas II wojny w Zatoce Perskiej muzeum zostało splądrowane w dniach 7–12 kwietnia 2003 roku – liczba zrabowanych przedmiotów pozostaje sporna, jednak według szacunków muzeum skradziono ok. 15 tys. eksponatów, z których odzyskano ponad 3 tys. Zginęła wówczas m.in. kolekcja pieczęci cylindrycznych. Odzyskano natomiast m.in. wazę z miasta Uruk (ang. Warka vase), datowaną na 3200 p.n.e. i miedziany posąg z Bassetki.