Oczyszczanie białek – szereg procesów rozdziału mający na celu izolację pojedynczego typu białka ze złożonej mieszaniny.
Izolując dane białko z komórki, należy je odseparować od tysięcy innych białek, które się w niej znajdują. Metody oddzielania jednych cząsteczek od drugich opierają się różnicy w jednej lub wielu fizycznych bądź chemicznych właściwościach. Im więcej jest tych różnic i im są większe, tym łatwiej przebiega proces izolacji. W przypadku oczyszczania białek najczęściej wykorzystuje się różnice w wielkości (długości łańcucha polipeptydowego lub masy), powinowactwie do specyficznych ligandów, a także różnice w ładunku i hydrofobowości.
Postępowanie przed oczyszczaniem Materiałem wyjściowym do izolacji białka powinien być materiał biologiczny o jak największej zawartości pożądanego białka i możliwie ubogi w zanieczyszczenia. Białka przeznaczone do oczyszczania uwalnia się do roztworu. Jeśli białka wydzielane są pozakomórkowo, należy usunąć biomasę poprzez np. filtrację, wirowanie, flotację. Jeśli są to białka wewnątrzkomórkowe, np. występujące w organellach komórkowych bądź związane z błonami komórkowymi, wymagane jest rozbicie tkanek i doprowadzenie do dezintegracji komórek, aby rozpuścić białka w roztworze. W tym celu stosuje się m.in.