W 1918, po powrocie do Wilna, był jednym z najbardziej aktywnych członków Związku Wojskowych Polaków i twórcą samoobrony wileńskiej. 10 listopada objął funkcję podinspektora Samoobrony Litwy i Białorusi. W styczniu 1919 wziął udział w walkach o Wilno, a następnie wycofał się na czele oddziału Samoobrony do Ostrowi Mazowieckiej, gdzie objął dowództwo batalionu w organizującym się Pułku Strzelców Wileńskich, późniejszym 85 pułku Strzelców Wileńskich. 25 stycznia 1919 został mianowany majorem. left|thumb|Wkroczenie do Wilna – gen. Lucjan Żeligowski z komendantem miasta mjr Stanisławem Bobiatyńskim

W okresie od 3 czerwca do 7 lipca 1919 oraz od 4 listopada 1919 do 9 października 1920 i do 10 listopada 1922 dowodził pułkiem Strzelców Wileńskich. Na czele pułku walczył nad Szczarą, Baranowiczami, Słuckiem, Leplem, Czernicą oraz w bitwie warszawskiej, w której został ranny, i w bitwie nad Niemnem. W końcu wziął udział w tzw. buncie gen. Żeligowskiego. 15 lipca 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu majora, w piechocie, „w grupie oficerów byłych Korpusów Wschodnich i byłej armii rosyjskiej”.