Był wówczas „w dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr III”.

W okresie dwudziestolecia międzywojennego udzielał się społecznie jako prezes Związku Uczestników Powstań Narodowych, członek zarządu PCK, członek zarządu Związku Przyjaciół 85 pp. i Związku Oficerów w stanie spoczynku. Ponadto był członkiem honorowy Towarzystwa Lekarskiego w Wilnie.

Z relacji Aleksandra Meysztowicza wynika, że pułkownik Bobiatyński po kampanii wrześniowej 1939 został internowany na Litwie i osadzony razem z pułkownikiem Jerzym Dąbrowskim. 14 kwietnia 1940 został zwolniony z internowania. Ukrywał się, według niepotwierdzonych informacji, w majątku swojej siostry Jadwigi Wnukowskiej w Jogalinie na Litwie Kowieńskiej. Tam po ataku Niemiec na ZSRR w 1941 podobno został wytropiony i rozstrzelany przez Niemców.

Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 2708 – 15 marca 1921 Krzyż Niepodległości – 16 marca 1933 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Walecznych czterokrotnie – „za czyny męstwa i odwagi wykazane w bojach toczonych w latach 1918–1921” Złoty Krzyż Zasługi – 9 listopada 1929M.P. z 1930 r. nr 13, poz. 21 „za zasługi na polu organizacji wojska i pracy społecznej”. Srebrny Krzyż Zasługi – 15 grudnia 1925M.P. z 1925 r. nr 296, poz.