W 1965 uzyskał stopień doktorski i założył własne biuro.

Kariera W 1966 rozpoczął pracę na Uniwersytecie Technicznym w Madrycie na Wydziale Architektury i rozpoczął pisać artykuły. W 1976 Moneo został zaproszony na stypendium do Instytutu Architektury i Urbanistyki oraz aby uczyć w Cooper Union School of Architecture w Nowym Jorku. W ciągu następnych lat bywał wizytującym profesorem na Uniwersytetach Princeton i Harvardzie, oraz w Lozannie w Szwajcarii. W 1980 został dziekanem Szkoły Architektury w Madrycie na okres pięciu lat, a następnie (1984–1990) dziekanem i profesorem w Szkole Wzornictwa na Uniwersytecie Harvarda.

Od 1991 aktywność naukowa Moneo został poszerzona do szeregu sympozjów i wykładów w instytutach Uniwersytetu Chicagowskiego, Columbia, w Princeton, Yale, Tulane’a, Rhode Island School of Design; w Anglii Architectural Association School i Royal Institute of British Architects w Londynie oraz w Uniwersyteckiej Szkole Architektury w Cambridge; w Japonii na Uniwersytecie Nihon; Academii Sztuki Współczesnej w Wiedniu w Austrii; w Royal Academy w Kopenhadzie w Danii;