8 czerwca 1993 został uznany za niewinnego piątego aktu oskarżenia. W 1994 jego wyrok w procesie dotyczącym czwartego oskarżenia wszedł w życie, ale został zastąpiony aresztem domowym z uwagi złego stanu zdrowia. Żiwkow nadal twierdził, że jest niewinny. 15 września 1995 Sąd Najwyższy Bułgarii zgodził się go wysłuchać i ponownie rozpatrzył jego sprawę. Żiwkow zagroził, że pójdzie do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, jeśli tym razem nie zostanie uniewinniony. Oskarżał również bułgarskie sądy o przyjmowanie poleceń politycznych. 9 lutego 1996 bułgarski Sąd Najwyższy uznał, że prokuratura nie przedstawiła dowodów winy Żiwkowa. Uchylono wyrok w sprawie oskarżenia czwartego i uznano byłego przywódcę Bułgarii za niewinnego wszystkich zarzucanych mu czynów.
W 1997 udzielił ostatniego wywiadu dla Byłgarskiej nacionałnej telewiziji. W 1998 został przyjęty do Bułgarskiej Partii Socjalistycznej. Todor Żiwkow zmarł 5 sierpnia 1998, z powodu powikłań oskrzelowego zapalenia płuc. Polityk pochowany został na cmentarzu centralnym w Sofii.