Gdy w latach 40. XVI wieku kościół klasztorny i farę przejęli luteranie, kaplica św. Jerzego, przez około czterdzieści lat, pozostawała jedyną świątynią katolicką w mieście. Wewnątrz, przed głównym ołtarzem, pochowany został ostatni zakonnik z klasztoru bernardynów w Nowem, o. Roman Wax, zmarły 22 czerwca 1822 roku. Po kasacie klasztoru część jego wyposażenia przeniesiono do kaplicy.
Zrujnowany budynek szpitala został rozebrany w 1828 roku, podczas budowy drogi z Gdańska, a w 1861 roku wzniesiono nowy szpital, którego budynek, tak jak i kaplica, nadal należy do parafii św. Mateusza, zaś obecnie zamieszkuje go grabarz.
W połowie lat 50. XX wieku w kaplicy przejściowo prowadzono lekcje religii, kiedy przestały odbywać się w szkołach, a w tym czasie była w tym celu przygotowywana salka katechetyczna w starej baszcie. W 2011 roku przeprowadzono gruntowny remont kaplicy.
Kaplica św. Jerzego od kilkudziesięciu lat pełni rolę kostnicy. Odprawia się w niej również msze w Dzień Zaduszny oraz 24 kwietnia, w uroczystość jej patrona.