W roku 1807 podniósł swoją flagę na 74-działowym HMS „Montagu”, później zaś na 90-działowym HMS „Queen”.

Dowództwo na Morzu Śródziemnym W czerwcu 1809 roku Martin nadzorował zajęcie włoskich wysp Ischia i Procida, a w październiku tego roku na swoim okręcie flagowym HMS „Canopus” poprowadził małą eskadrę w pościgu za kilkoma francuskimi okrętami, które wymknęły się z blokady Tulonu. Brytyjczycy wykryli Francuzów i zapędzili ich do portu Sète u ujścia Rodanu. 74-działowy liniowiec „Borée” i fregata „Pauline” schroniły się w za płytkim porcie, a dwa inne okręty, 80-działowy „Robuste” i 74-działowy „Lion” osiadły na mieliźnie. Martin planował atak, lecz 26 października ich załogi spaliły jednostki, zanim ten zdążył je przejąć. Po nominacji 31 lipca 1810 roku na admirała floty, otrzymał dowództwo sił morskich w Palermo, które miały za zadanie wspieranie sił sir Johna Stuarta w Kalabrii. 6 lipca 1811 roku, za oddane zasługi, król Neapolu Ferdynand I odznaczył Martina Orderem św. Januarego. Otrzymał też publiczne podziękowania od generała Stuarta.