Enantiornithes prawdopodobnie są bliżej spokrewnione z Neornithes niż Archaeopteryx, ale zarazem dalej niż przedstawiciele Ichthyornithiformes i Hesperornithiformes.
Paul Sereno (1998) przedstawił pierwszą definicję filogenetyczną Enantiornithes, definiując je jako klad obejmujący wszystkich przedstawicieli Ornithothoraces bliżej spokrewnionych z rodzajem Sinornis niż z grupą Neornithes. Tak definiowane Enantiornithes obejmują rodzaje Iberomesornis i Noguerornis, których przynależność do grupy była we wcześniejszych publikacjach przedmiotem sporów; u tych taksonów nie występuje część cech budowy szkieletu uznawanych przez autorów publikujących przed 1998 rokiem za wyróżniające Enantiornithes. Z analizy Chiappego (2002) wynika, że Iberomesornis i Noguerornis tworzyły klad siostrzany do kladu obejmującego pozostałych przedstawicieli Enantiornithes. Na tej podstawie Chiappe (2002) wyróżnił i nazwał nowy klad Euenantiornithes, definiowany jako obejmujący wszystkie taksony bliżej spokrewnione z Sinornis niż z Iberomesornis;