Praca w Instytucie Bałtyckim Po zamachu majowym z administracji rządowej przeszedł do placówek naukowych. Oprócz prowadzenia prac badawczych w dziedzinie ichtiologii, był najpierw wicedyrektorem Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach i kierownikiem Działu Ekonomiki i Organizacji Rybactwa w Bydgoszczy. W grudniu 1927 równocześnie objął kierownictwo Instytutu Bałtyckiego w Toruniu. Rozwinął tam jego działalność badawczą i wydawniczą w zakresie studiów nad polskością Pomorza GdańskiegoPrzeciw propagandzie korytarzowej, praca zbiorowa pod redakcją Józefa Borowika, Toruń 1930. i historią regionu bałtyckiego oraz popularyzowania morskiej ekspansji gospodarczejNp.: Józef Borowik, Zagadnienia żeglugi morskiej, Przegląd Gospodarczy, nr 19, 1933; Gdynia. Port Rzeczpospolitej, opracował Józef Borowik, Toruń 1934.. Był redaktorem serii Pamiętnik Instytutu BałtyckiegoPierwszy tom: Obrona Pomorza, praca zbiorowa pod redakcją Józefa Borowika, Toruń 1930.. Pozyskał do współpracy 110 uczonych z całego kraju oraz polityków i publicystówPodsumowanie tego okresu: Józef Borowik, Pięć lat pracy Instytutu Bałtyckiego (1927–1932), Toruń 1932..