W lipcu 1950 podjął pracę w Morskim Urzędzie Zdrowia, a we wrześniu w morskiej filii Państwowego Zakładu Higieny w Gdyni, później włączonej do Instytutu Medycyny Morskiej, gdzie był adiunktem do 1957, publikując liczne prace naukowe. Od 1956 do 1961 pracował w Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie jako docent, a następnie profesor nadzwyczajny. W 1961 przeszedł na emeryturę, kontynuując pracę w Polskim Instytucie Spraw Międzynarodowych w Warszawie. W latach 1961–1966 współpracował ponadto z Komitetem Badań Morza PAN w Sopocie.
Był przewodniczącym Komisji do Opracowania Perspektywicznego Planu Rozwoju i Zagospodarowania Regionu Nadmorskiego, członkiem Rady Naukowej do Spraw Ziem Zachodnich przy Towarzystwie Rozwoju Ziem Zachodnich, Rady Naukowej Ekonomiczno-Technicznej przy Ministerstwie Żeglugi i Gospodarki Wodnej oraz Towarzystwa Morsko-Biologicznego w Plymouth.
Józef Borowik został pochowany na cmentarzu Witomińskim w Gdyni (kw.