Dowództwo Gwardii Narodowej Ukrainy znajduje się w Kijowie. Na stan z 2017 roku Gwardia działała w ramach pięciu dowództw operacyjno-terytorialnych:
Zachodnie Dowództwo Operacyjno-Terytorialne z siedzibą we Lwowie Północne Dowództwo Operacyjno-Terytorialne z siedzibą w Kijowie Centralne Dowództwo Operacyjno-Terytorialne z siedzibą w Dnieprze Wschodnie Dowództwo Operacyjno-Terytorialne z siedzibą w Charkowie Południowe Dowództwo Operacyjno-Terytorialne z siedzibą w Odessie
Szóste, Krymskie Dowództwo Operacyjno-Terytorialne, które miało funkcjonować w Symferopolu, zorganizowano tylko teoretycznie, jako że faktyczną kontrolę nad półwyspem sprawuje Federacja Rosyjska.
Istnieją również jednostki podporządkowane bezpośrednio dowództwu w Kijowie oraz centra szkoleniowe.
W przypadku ogłoszenia stanu wojennego, jednostki Gwardii Narodowej Ukrainy (poza tymi odpowiedzialnymi za transport) podporządkowane zostaną Ministerstwu Obrony Ukrainy. thumb|upright|Odznaka 22 Samodzielnej Brygady Gwardii Narodowej, oddelegowanej do ochrony placówek dyplomatycznych w Kijowie