Dorastał wraz ze starszą siostrą Ewą – primo voto Marcinkowska-Drążkowska, secundo voto Colonna-Walewska (ur. 1945) – oraz młodszym bratem Stanisławem Januszem (ur. 1951). Wszyscy zostali lekarzami.
Jako dziecko wraz z rodziną przeniósł się do Poznania, gdzie w 1961 ukończył Szkołę Podstawową nr 54. Maturę uzyskał w 1965 w I Liceum Ogólnokształcącym im. Karola Marcinkowskiego, które znajdowało się w pobliżu Zakładu Medycyny Sądowej, gdzie w wolnych chwilach, jeszcze jako licealista, pracował z ojcem, pracownikiem naukowym tego Zakładu.
Okres studiów W 1965 rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim poznańskiej Akademii Medycznej, jednocześnie pracując naukowo. Pierwsze samodzielne opracowanie naukowe to artykuł „Częstość występowania cech serologicznych wśród ludności polskiej A, B, 0, AB oraz A1, A2 a także układu MN – na podstawie danych pracowni serologicznej Zakładu Medycyny Sądowej AM w Poznaniu” zawarty w książce jego ojca Marcinkowski Tadeusz „Dowody rzeczowe w praktyce sądowo-lekarskiej – Ślady krwi" (PZWL, Warszawa 1968). Należał do trzech Studenckich Kół Naukowych (1. przy Zakładzie Higieny, 2. Socjomedycznym przy Zakładzie Filozofii i 3. Anatomopatologicznym). Za działalność studencką wyróżniony w 1970 praktyką wakacyjną w szpitalu we włoskim Palermo.