Indeks trofii IT jest oparty na taksonach występujących w środowisku fitoplanktonu, wskaźnikowych dla poziomu żyzności wód rzeki. Każdy takson ma przypisaną wartość troficzną i wagową. Przy obliczaniu indeksu IT uwzględnia się również procentowy udział danego taksonu wskaźnikowego w całej bioobjętości wszystkich taksonów wskaźnikowych.
Wskaźnik trofii IT jest wyliczany według wzoru:
gdzie:
Di - średnia sezonowa procentowego udziału i-tego taksonu w bioobjętości taksonów wskaźnikowych fitoplanktonu;
wTi - wartość wagowa (tolerancja) i-tego taksonu;
Ti - wartość wskaźnikowa trofii i-tego taksonu.
Wskaźnik chlorofilowy CH jest wyliczany w pięciu kategoriach według podanego niżej schematu: Typ 19, 20, 24, 25Typ 21Stężenie chlorofilu a (średnia z sezonu)CHStężenie chlorofilu a (średnia z sezonu)CH<200<25020-35125-60135-50260-95250-65395-1303>654>1304 IFPL a klasy stanu ekologicznego rzek Specyficzność dla typu rzeki jest uwzględniana na etapie obliczeń wskaźnika chlorofilowego CH, toteż dla wszystkich typów rzek stosuje się takie same przedziały dla granic klas stanu ekologicznego, zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 9 listopada 2011 r. (Dz. U. Nr 257, Poz. 1545)Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 listopada 2011 r.