W rozgrywkach uniwersyteckich imponował dryblingiem i skutecznością.
W 2008 roku Pontius, wraz z kilkoma kolegami z uczelnianej drużyny, znalazł się na liście zgłoszonych graczy przez ekipę Ventura County Fusion do czwartoligowych rozgrywek USL Premier Development League, nie rozegrał w nich jednak żadnego meczu. W styczniu 2009 został wybrany w ramach MLS SuperDraft (z siódmego miejsca) przez D.C. United. W Major League Soccer zadebiutował 22 marca 2009 w zremisowanym 2:2 spotkaniu z Los Angeles Galaxy, strzelając wówczas pierwszego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej. Od razu został podstawowym graczem ekipy i w tym samym roku dotarł z United do finału pucharu Stanów Zjednoczonych – U.S. Open Cup. We wrześniu 2010 doznał kontuzji stawu skokowego, przez co musiał pauzować przez pięć miesięcy. We wrześniu 2011 złamał natomiast kość piszczelową, co wykluczyło go z gry na cztery miesiące.